3 июня 1830 года доведенные до отчаяния чумным карантином жители Корабельной слободы Севастополя подняли мятеж. К стихийному восстанию быстро присоединились многие горожане, матросы, а так же часть солдат гарнизона — бунт охватил весь город. Толпой был убит губернатор Столыпин и перебита часть «чумных» чиновников.
В 1828 году на юге России началась эпидемия чумы. Учитывая, что Россия в это время вела очередную войну с Турцией, а также стратегическую важность Севастополя, в городе был введён карантин. При этом случаев заболевания в городе зафиксировано не было, поэтому карантин был скорее профилактической мерой.
В мае 1828 года вокруг города было установлено карантинное оцепление. Всё движение из города и в город происходило через специально устроенные заставы. Летом 1829 года карантин был ужесточён, каждый проезжающий должен был содержаться 2−3 недели в карантинной зоне, все подозрительные больные в городе подлежали изоляции. В результате этого местные крестьяне старались воздерживаться от поездок в город. Продовольственное снабжение оказалось монополизированным карантинными чиновниками, что способствовало большому количеству злоупотреблений. В городе быстро возник дефицит продовольствия. Продовольствие, поставляемое гарнизону, жителям, больным в изоляторах, было недостаточным и плохого качества, что способствовало развитию болезней и росту смертности. Наиболее страдали от карантина беднейшие районы города, в которых сильно ухудшилась гигиеническая обстановка и возросло количество больных.
Ситуация в Севастополе обострилась настолько, что из Петербурга была прислана комиссия во главе с адмиралом Римским-Корсаковым для расследования ситуации. Расследование обнаружило массовые злоупотребления, однако из Петербурга поступило распоряжение прекратить всякие расследования деятельности интендантов. В ноябре 1829 года комиссия завершила работу.
В марте 1830 года карантин был еще более ужесточён, и жителям запретили покидать дома. Запрет был снят в мае, но в наиболее бедной Корабельной слободе карантин был продлён на 7 дней. Однако по прошествии 7 дней жителей слободы было приказано вывести за город и продлить карантин на 2 недели. Это вызвало возмущения среди жителей слободы, а также матросов, имевших там родных и знакомых. Население отказалось выполнять распоряжение несмотря на уговоры контр-адмирала И. С. Скаловского и протопопа Софрония Гаврилова.
Карантинное оцепление слободы было усилено 2-мя батальонами пехоты. Доведённые до отчаяния жители стали готовиться к вооружённому отпору, были сформированы боевые группы под руководством отставных военных. Солдаты оцепления и многие офицеры сочувствовали жителям. До определенного момента обе стороны воздерживались от начала боевых действий, которые могли взорвать ситуацию в городе и на флоте.
3 июня военный губернатор Столыпин, учитывая чрезвычайную ситуацию в городе, усилил караулы на улицах и охрану губернаторского дома. Эти меры привели к обратному эффекту — они возмутили севастопольцев, которые толпами двинулись дому губернатора и адмиралтейству. Губернатор попытался вступить в переговоры, но был убит разъяренной толпой. К восставшим присоединились матросы. Часть восставших пошла на снятие карантинного оцепления на Корабельной слободе, солдаты атакованные с двух сторон присоединились к восставшим.
К 22 часам город был в руках восставших, полиция бежала из города, а гарнизон отказался подавлять бунт. Толпа избивала «чумных» чиновников и офицеров, требуя от них расписки, что чумы в городе нет, громила их дома и квартиры.
4 июня комендант города Турчанинов, исполняющий после гибели Столыпина обязанности военного губернатора, под давлением восставших издал приказ о прекращении карантина: «Объявляю всем жителям города Севастополя, что внутренняя карантинная линия в городе снята, жители имеют беспрепятственное сообщение между собой, в церквах богослужение дозволяется производить, и цепь вокруг города от нынешнего учреждения перенесена далее на две версты.»
Тем временем власти стянули к городу части 12-й дивизии генерала Тимофеева, которые вошли в город 7 июня. Следственная комиссия под руководством генерал-губернатора Новороссии и Бессарабии М. С. Воронцова рассмотрела дела около 6000 людей. Были казнены 7 человек, возглавивших восстание, около 1000 горожан и матросов отправлены на каторжные работы. Около 4200 штатских были депортированы в другие города. Офицеры получили дисциплинарные наказания, а комендант Севастополя генерал-лейтенант А. П. Турчанинов по решению суда «за малодушие и за совершенное нарушение всех обязанностей по службе» был лишен всех званий и наград и разжалован в рядовые.